フォルダに格納していた生成ファイルが削除された可能性があります。
「自動生成ファイル」タイプは、フォルダに格納してある生成ファイルへのリンクを行っている項目です。
そのためリンク先の生成ファイルが削除されると「自動生成ファイル」項目に登録されていたファイルも削除されます。※フォルダは下記2か所にあります。 どちらに格納されるかは自動処理＞ファイル生成パーツの設定により異なります。