「自動生成ファイル項目」を項目設定から削除しても、その項目が参照していた保存先フォルダ内の実ファイルは削除されません。これは、「自動生成ファイル」項目が、あくまで保存先フォルダ内のファイルへの参照情報（リンク）を管理している項目であるためです。 画面上から項目（参照情報）を削除しても、ファイルの大元（保存先）には影響しない仕様となっています。関連記事：レコード削除時「自動生成ファイル」項目にあったファイルも削除されるか