自動処理によるレコード操作（登録／更新）にも
アクセス権の設定は適用されるか

いいえ、適用されません。

自動処理によるレコード操作（登録／更新）では、
アクセス権の設定は影響しない仕様となっております。

そのため「項目参照」「項目編集」アクセス権限がない項目についても、
自動処理での値の登録／更新が可能です。